Understanding the shared epigenetic roots of posttraumatic stress disorder and metabolic syndrome : a DNA methylation study
Date
2020-12
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Stellenbosch : Stellenbosch University
Abstract
ENGLISH SUMMARY: Background: Posttraumatic stress disorder (PTSD) can develop after exposure to trauma and has been linked to increased prevalence of metabolic syndrome (MetS), a cluster of traits that increase risk for cardiovascular disease. Epigenetics provides a molecular framework for gene-environment interaction effects and may explain the association between PTSD and metabolic outcomes. This study aimed to (i) identify epigenome-wide profiles associated with PTSD and PTSD-MetS comorbidity by investigating genome-wide DNA methylation profiles, and (ii) determine whether PTSD and PTSD-MetS comorbidity are associated with accelerated cellular ageing, as indexed by DNA methylation age (DNAm age).
Methods: Clinical assessments of trauma exposure, PTSD symptoms and diagnosis were based on the Life Events Checklist for DSM-5, PTSD Checklist for DSM-5, Clinician Administered PTSD Scale. MetS was diagnosed according to the harmonised Joint Interim Statement (JIS) criteria. The sample comprised 61 individuals with PTSD (n = 29 with MetS) and 59 trauma-exposed controls (n = 29 with MetS). DNA methylation profiling was performed using the Illumina Infinium EPIC BeadChip. Sample quality control, data normalization and epigenome-wide association testing (EWAS) was performed using the R package, meffil. Analysis of differentially methylated regions (DMRs) was performed using the R package, Bumphunter. The associations of PTSD-MetS comorbidity and PTSD with genome-wide DNA methylation profiles were assessed per CpG site using generalised linear models and included correction for possible genomic inflation. CpG sites differentially methylated at FDR < 0.05 were considered significant. Gene ontology and pathway analyses were conducted using the WebGestalt analysis tool kit with an applied FDR < 0.1. The Horvath DNAm age, Hannum DNAm age and Levine PhenoAge predictors were calculated from normalized methylation intensity values, and subsequently regressed on chronological age to provide epigenetic ageing estimates.
Results: Seven epigenome-wide significant CpG sites in genes encoding ubiquitin containing domain 2 (UBTD2), protein kinase C alpha (PRKCA), mitochondrial translational activator (MSS51), MHC class I chain-related gene A (MICA) and GTPase IMAP family member 7 (GIMAP7), were associated with PTSD-MetS comorbidity. Two hypomethylated CpG sites, in Src homolog 2 domain containing (SHC1) and protein kinase C substrate 80K-H (PRKCSH) genes, were associated with PTSD. Three DMRs were associated with PTSD-MetS comorbidity and 169 DMRs were associated with PTSD alone (FWER < 0.1). Based on the top 300 differentially methylated CpG sites for PTSD-MetS, significant pathways involved in phospholipase signalling, long-term depression, cholinergic synapse, synthesis and hormone secretion were identified. Pathways associated with ribosome activity, parathyroid hormone secretion and long-term potentiation were enriched in PTSD. PTSD-MetS comorbidity, but not PTSD alone, was marginally associated with accelerated epigenetic ageing (Horvath; p = 0.05). Conclusions: EWAS and DMR analyses identified differentially methylated CpG sites located in genes implicated in innate and autoimmune response, lipid and amino acid metabolism, and mitochondrial activation in PTSD-MetS comorbidity, suggesting differential epigenetic effects on immune function and energy homeostasis. PTSD was associated with differential methylation of genes involved in phospholipid metabolism and neurotransmission. Identifying differentially methylated genes and correlates of epigenetic ageing in PTSD-MetS advances our understanding of the biology underlying this comorbidity and can be used to explore novel therapeutic targets.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Agtergrond: Posttraumatiese stresversteuring (PTSV) kan ontwikkel na blootstelling aan trauma en is gekoppel aan 'n verhoogde voorkoms van metaboliese sindroom (MetS), 'n groep eienskappe wat die risiko vir kardiovaskulere siektes verhoog. Epigenetika bied 'n molekulere raamwerk vir effekte op die interaksie van geen-omgewing en kan die verband tussen PTSV en metaboliese uitkomste verklaar. Hierdie studie het ten doel gehad om (i) epigenoomwye profiele wat verband hou met PTSV en PTSV-MetS-comorbiditeit te identifiseer deur genome-wye DNA-metieleringprofiele te ondersoek, en (ii) te bepaal of PTSD en PTSD-MetS-comorbiditeit geassosieer word met versnelde sellulere veroudering, soos geindekseer volgens DNA-methyleringsouderdom (DNAm-ouderdom). Metode: Kliniese beoordelings van blootstelling aan trauma, PTSV-simptome en diagnose is gebaseer op die Life Events Checklist vir DSM-5, PTSV Checklist vir DSM-5, die kliniek toegedien PTSD-skaal. MetS is gediagnoseer volgens die geharmoniseerde kriteria vir die gesamentlike tussentydse verklaring (JIS). Die steekproef bestaan uit 61 individue met PTSV (n = 29 met MetS) en 59 kontroles wat blootgestel was aan trauma (n = 29 met MetS). DNA-metieleringprofielering is uitgevoer met behulp van die Illumina Infinium EPIC BeadChip. Voorbeeld kwaliteitskontrole, data-normalisering en epigenoomwye assosiasietoetsing (EWAS) is uitgevoer met behulp van die R-pakket, meffil. Die analise van onderskeidelik gemetileerde streke (DMR's) is uitgevoer met behulp van die R-pakket, Bumphunter. Die assosiasies van PTSV-MetS-comorbiditeit en PTSV met genoomwye DNA-metieleringprofiele is volgens CpG-plek beoordeel met behulp van veralgemeende lineere modelle en het korreksie vir moontlike genomiese inflasie ingesluit. CpG-terreine wat differensiaal gemetileer is by FDR <0,05 is as beduidend beskou. Genontologie en baananalises is uitgevoer met behulp van die WebGestalt-analise-gereedskapstel met 'n toegepaste FDR <0.1. Die Horvath DNAm-ouderdom, Hannum DNAm-ouderdom en Levine PhenoAge-voorspellers is bereken op grond van genormaliseerde metieleringsintensiteitswaardes, en daarna op die chronologiese ouderdom regruk om die epigenetiese verouderingsberamings te gee. Resultate: Sewe epigenoomwye beduidende CpG-terreine in gene wat kodeer vir ubikitien wat domein 2 bevat (UBTD2), proteienkinase C alfa (PRKCA), mitochondriale translasie-aktivator (MSS51), MHC-klas I-kettingverwante geen A (MICA) en GTPase IMAP-familielid 7 (GIMAP7), is geassosieer met PTSD-MetS-comorbiditeit. Twee hipometileerde CpG-lokaliteite, in Src homolog 2-domein wat (SHC1) en proteienkinase C-substraat 80K-H (PRKCSH) gene bevat, is met PTSV geassosieer. Drie DMR's was geassosieer met PTSD-MetS-comorbiditeit en 169 DMR's is geassosieer met PTSD alleen (FWER <0.1). Op grond van die top 300 onderskeidelik gemetileerde CpG-terreine vir PTSD-MetS, is beduidende wee betrokke by fosfolipase-sein, langdurige depressie, cholinergiese sinaps, sintese en hormoonafskeiding geidentifiseer. Bane wat geassosieer word met ribosoomaktiwiteit, paratiroiedhormoonafskeiding en langtermynpotensiasie is in PTSV verryk. PTSV-MetS-comorbiditeit, maar nie alleen PTSV nie, was marginaal geassosieer met versnelde epigenetiese veroudering (Horvath; p = 0,05). Slotsom: EWAS- en DMR-ontledings het onderskeidelik gemetileerde CpG-terreine geidentifiseer wat in gene geimpliseer is wat ingebed is in die aangebore en outo-immuunrespons, lipied- en aminosuurmetabolisme, en mitochondriale aktivering in PTSV-MetS-comorbiditeit, wat daarop dui dat die epigenetiese effekte op immuunfunksie en energie-homeostase aangedui word. PTSV was geassosieer met die differensiele metielering van gene wat betrokke is by fosfolipiedmetabolisme en neurotransmissie. Die identifisering van differensiaal-gemetileerde gene en korrelate van epigenetiese veroudering in PTSV-MetS bevorder ons begrip van die biologie onderliggend aan hierdie comorbiditeit en kan gebruik word om nuwe terapeutiese teikens te ondersoek.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Agtergrond: Posttraumatiese stresversteuring (PTSV) kan ontwikkel na blootstelling aan trauma en is gekoppel aan 'n verhoogde voorkoms van metaboliese sindroom (MetS), 'n groep eienskappe wat die risiko vir kardiovaskulere siektes verhoog. Epigenetika bied 'n molekulere raamwerk vir effekte op die interaksie van geen-omgewing en kan die verband tussen PTSV en metaboliese uitkomste verklaar. Hierdie studie het ten doel gehad om (i) epigenoomwye profiele wat verband hou met PTSV en PTSV-MetS-comorbiditeit te identifiseer deur genome-wye DNA-metieleringprofiele te ondersoek, en (ii) te bepaal of PTSD en PTSD-MetS-comorbiditeit geassosieer word met versnelde sellulere veroudering, soos geindekseer volgens DNA-methyleringsouderdom (DNAm-ouderdom). Metode: Kliniese beoordelings van blootstelling aan trauma, PTSV-simptome en diagnose is gebaseer op die Life Events Checklist vir DSM-5, PTSV Checklist vir DSM-5, die kliniek toegedien PTSD-skaal. MetS is gediagnoseer volgens die geharmoniseerde kriteria vir die gesamentlike tussentydse verklaring (JIS). Die steekproef bestaan uit 61 individue met PTSV (n = 29 met MetS) en 59 kontroles wat blootgestel was aan trauma (n = 29 met MetS). DNA-metieleringprofielering is uitgevoer met behulp van die Illumina Infinium EPIC BeadChip. Voorbeeld kwaliteitskontrole, data-normalisering en epigenoomwye assosiasietoetsing (EWAS) is uitgevoer met behulp van die R-pakket, meffil. Die analise van onderskeidelik gemetileerde streke (DMR's) is uitgevoer met behulp van die R-pakket, Bumphunter. Die assosiasies van PTSV-MetS-comorbiditeit en PTSV met genoomwye DNA-metieleringprofiele is volgens CpG-plek beoordeel met behulp van veralgemeende lineere modelle en het korreksie vir moontlike genomiese inflasie ingesluit. CpG-terreine wat differensiaal gemetileer is by FDR <0,05 is as beduidend beskou. Genontologie en baananalises is uitgevoer met behulp van die WebGestalt-analise-gereedskapstel met 'n toegepaste FDR <0.1. Die Horvath DNAm-ouderdom, Hannum DNAm-ouderdom en Levine PhenoAge-voorspellers is bereken op grond van genormaliseerde metieleringsintensiteitswaardes, en daarna op die chronologiese ouderdom regruk om die epigenetiese verouderingsberamings te gee. Resultate: Sewe epigenoomwye beduidende CpG-terreine in gene wat kodeer vir ubikitien wat domein 2 bevat (UBTD2), proteienkinase C alfa (PRKCA), mitochondriale translasie-aktivator (MSS51), MHC-klas I-kettingverwante geen A (MICA) en GTPase IMAP-familielid 7 (GIMAP7), is geassosieer met PTSD-MetS-comorbiditeit. Twee hipometileerde CpG-lokaliteite, in Src homolog 2-domein wat (SHC1) en proteienkinase C-substraat 80K-H (PRKCSH) gene bevat, is met PTSV geassosieer. Drie DMR's was geassosieer met PTSD-MetS-comorbiditeit en 169 DMR's is geassosieer met PTSD alleen (FWER <0.1). Op grond van die top 300 onderskeidelik gemetileerde CpG-terreine vir PTSD-MetS, is beduidende wee betrokke by fosfolipase-sein, langdurige depressie, cholinergiese sinaps, sintese en hormoonafskeiding geidentifiseer. Bane wat geassosieer word met ribosoomaktiwiteit, paratiroiedhormoonafskeiding en langtermynpotensiasie is in PTSV verryk. PTSV-MetS-comorbiditeit, maar nie alleen PTSV nie, was marginaal geassosieer met versnelde epigenetiese veroudering (Horvath; p = 0,05). Slotsom: EWAS- en DMR-ontledings het onderskeidelik gemetileerde CpG-terreine geidentifiseer wat in gene geimpliseer is wat ingebed is in die aangebore en outo-immuunrespons, lipied- en aminosuurmetabolisme, en mitochondriale aktivering in PTSV-MetS-comorbiditeit, wat daarop dui dat die epigenetiese effekte op immuunfunksie en energie-homeostase aangedui word. PTSV was geassosieer met die differensiele metielering van gene wat betrokke is by fosfolipiedmetabolisme en neurotransmissie. Die identifisering van differensiaal-gemetileerde gene en korrelate van epigenetiese veroudering in PTSV-MetS bevorder ons begrip van die biologie onderliggend aan hierdie comorbiditeit en kan gebruik word om nuwe terapeutiese teikens te ondersoek.
Description
Thesis (PhD)--Stellenbosch University, 2020.
Keywords
Post-traumatic stress disorder, DNA -- Methylation, Metabolic syndrome, UCTD